上海
撰文丨王聰
編輯丨王多魚
排版丨水成文
近年來，研究人員從宏基因組數據中挖掘出數以百萬計的噬菌體基因組，但由于現有噬菌體檢測方法依賴宏基因組重疊群，導致噬菌體基因組片段化，基因組完整度始終較低。
2026 年 7 月 9 日， 香港城市大學李帥成、汪建平作為共同通訊作者（王若涵、潘光澤為論文第一作者），在Nature Biotechnology期刊發表了題為： High-quality phage assembly from metagenomes with PALACE 的研究論文。
該研究開發了基于共軛圖的框架——PALACE，可從宏基因組數據中組裝高質量的噬菌體基因組，并將其成功應用于從腸道宏基因組中組裝高質量 噬菌體基因組，揭示了結直腸癌患者來源的噬菌體顯著富集代謝因子，提示其適應了結直腸癌腸道環境中的營養可利用性。
在這項新研究中，研究團隊提出了一個基于共軛圖的框架（conjugate-graph-based framework）——PALACE，可從宏基因組數據中組裝高質量噬菌體基因組。PALACE 整合了同源比對與深度學習策略來識別噬菌體信號，并基于宏基因組樣本構建共軛圖。在模擬數據中，PALACE 能生成準確完整的噬菌體基因組，不同模擬條件下的 F1 分數達 0.92-1.00，較次優方法提升 0.21-0.48。將該方法應用于健康對照組與結直腸癌（CRC）患者的 914 份腸道宏基因組樣本，共獲得 5306 個高質量噬菌體基因組，其中位完整度較次優基準方法提升 55.98%。
該研究進一步發現了噬菌體基因組內基因呈現高度功能組織化。結直腸癌患者來源的噬菌體顯著富集代謝因子，提示其適應了結直腸癌腸道環境中的營養可利用性。
論文鏈接：
https://www.nature.com/articles/s41587-026-03188-z
特別聲明：以上內容(如有圖片或視頻亦包括在內)為自媒體平臺“網易號”用戶上傳并發布，本平臺僅提供信息存儲服務。
Notice: The content above (including the pictures and videos if any) is uploaded and posted by a user of NetEase Hao, which is a social media platform and only provides information storage services.
