太平軍進入陜西，當地回民趁勢反清

同治元年（1862）的春天，太平軍扶王陳得才率部翻越秦嶺，直逼商州，川滇農民軍藍大順部從四川北上，殺入陜南。此時陜西的精銳綠營多半被抽調到東南戰場鎮壓太平軍與捻軍，省城西安守軍不足千人，各州縣更是防務空虛。慌亂之下，清廷下詔令各州縣速辦團練，由地方士紳募勇自保。

當時渭南有五百名回民勇丁被編入團練，赴華州劉裕口阻擊太平軍，結果一戰即潰，隊伍四散。其中一個叫葉三元的回勇，途經華州小張村時，看中了村民王老漢家的一片竹園，打算買些竹竿回去打造兵器柄。雙方談好價錢，約好次日帶人來砍。

第二天葉三元如約而至，王老漢的兒子卻突然反悔，說竹子不賣了。雙方爭執不下，很快從口角升級為斗毆。附近村莊的漢民聞訊趕來幫忙，人多勢眾之下，兩名回民當場被打死。

出了人命，葉三元等人抬著尸首到華州衙門告狀，只求官府秉公懲兇。可華州知州濮垚素來偏袒漢民，非但不追查兇手，反而認定回民越界砍竹理虧在先，將告狀的回民當眾責罰一頓，趕出了衙門。死者家屬不甘心，又跑到渭南縣衙申訴，渭南知縣曹士鶴干脆拒不受理，還將帶頭告狀的人枷號示眾。

四月二十四日，華陰團總趙權中以“回民勾通太平軍”為借口，帶著團丁血洗了秦家村及周邊的回民村莊，見人就殺，見房就燒，整個村子被夷為平地。

四月二十五日，華州回民率先豎起起義大旗，渭河兩岸的回民村莊紛紛響應。為了統一調度、協同作戰，起義軍在起事之初便整編出十八大營，推舉任武、赫明堂、洪興、禹得彥、禹彥祿等人為各營統帥。

起義爆發的速度遠超官府預料，旬日之間，大荔、華州、渭南及鄰近州縣的回民便盡數起事。各地地主團練起初還想著趁火打劫，四月二十五日，蒲城縣南鄉龍陽、孝同數十個村莊的團練糾集上萬丁壯，主動圍攻起義軍，結果一戰即潰，死傷慘重。五月二日，回民起義軍北進蒲城，接連擊敗伏龍、平路各鄉團練，攻克興市鎮、王莊堡，殲滅團練一千七百多人。

四月二十九日，耀州、富平的團練數百人闖進耀州寺溝堡，殺死回民數十人，燒毀清真寺，隨后又到同官韓家原，開槍放炮挨家搜殺。

兩地回民無力抵抗，只得扶老攜幼逃往臨潼縣的蘇、拜等村避難。五月九日，渭北的回民起義軍突破地主團練在渭河南岸的封鎖線，南渡渭河，橫掃了東到華州城、下廟，西到赤水、大漲，南到田村、郭村、雙碑、漲村等地的團練武裝。經此一戰，渭南、華州一帶的團練勢力被徹底打垮，起義軍聲勢大振。

此時省城西安的防守極為空虛，陜西巡撫瑛棨手里無兵可調，外面又沒有援軍，眼看起義軍越鬧越大，便想出了緩兵之計。五月四日，他請出賦閑在家的前任江西巡撫、督辦團練大臣張芾，帶著臨潼縣令繆樹本、西安回紳馬伯齡等一行二十余人，前往臨潼油房街“安撫”起義軍，試圖以談判拖延時間。

張芾是陜西涇陽人，出身官宦世家，在地方素有聲望。瑛棨本以為憑他的身份，至少能穩住局面。可張芾從心底里輕視回民起義軍，談判伊始便態度倨傲，非但不提制止團練燒殺的事，反而以武力相威脅，強令起義軍交出所有武器，還要把首領任武交出來治罪。

這番話徹底激怒了在場的起義軍將士，原本就對官府缺乏信任的眾人，認定這是清廷的誘捕之計。談判當場破裂，張芾一行人全被扣押。五月十三日，經過公審，張芾、繆樹本等人被押到倉頭鎮南門外的渭河灘上處死。

張芾被殺的消息傳到京城，朝野震動。瑛棨趁機將事情定性為“回民攻城戕官，謀逆叛亂”，主張全力彈壓。清廷也認定回民行為已屬叛逆，當即決定調兵入陜鎮壓。瑛棨隨即發布告示，將所有回民都定性為“叛匪”，號召各地地主團練配合官兵一體鎮壓，格殺勿論。

五月中旬，西安城郊回民在孫玉寶的帶領下舉起義旗，又得到渭北馬生彥、白彥虎部的渡河支援，一舉攻克金勝寺，隨后拿下西安城北的團練大本營六村堡，徹底打破了清軍對西安城郊的封鎖。七月間，起義軍接連進攻涇陽、三原、咸陽等地，兵鋒直抵西安城下。

八月，清廷任命欽差大臣勝保率領近萬精兵入陜，從潼關向西推進。勝保是鎮壓太平軍出身的老將，本以為區區回民起義不堪一擊，沒想到沿途不斷遭到回民軍的伏擊，連戰連敗，連咸陽城都攻不下來。敗報傳回京城，慈禧太后大怒，下旨將勝保革職拿問，押解回京賜死。

同治二年正月，清廷改命多隆阿為欽差大臣，督辦陜西軍務。就在多隆阿清剿渭北的時候，關中西部的鳳翔府正被崔偉率領的鳳翔回民軍圍困，已經圍了半年之久，城內糧盡援絕，官員坐困愁城。九月，多隆阿命部將陶茂林率部馳援鳳翔，激戰數日之后才解了鳳翔之圍。

曹克忠部攻破三水、白吉原，雷正綰部解了邠州之圍，多隆阿本人則率軍攻陷渭城。至此，陜西境內的起義軍大部分據點都被清軍控制，陜西回民軍難以在關中立足，只得從鳳翔、白吉原等地分批向西撤退，進入甘肅境內的董志原

就在這時，清軍主帥多隆阿在攻打周至的藍大順部時，被城上的流彈擊中，傷重而死。清軍一時群龍無首，再加上甘肅本地的回民起義已經全面爆發，甘肅本省的綠營兵分散各地，根本無力鎮壓。

從陜西追過來的雷正綰、陶茂林、曹克忠幾部兵力有限，只能顧著攻打靈臺、涇州、秦安、平涼幾個要點，無暇顧及董志原。這就給了退到這里的陜西回民軍難得的休整機會。

同治五年十一月，西捻軍張宗禹率領數萬大軍從河南打入關中，陜西局勢再度劇變。張宗禹派人聯絡董志原的回民起義軍，約定共同對付清軍。

陜西回民軍隨即發動返陜戰役，從董志原大舉東下，陜西各地告急。危急關頭，清廷任命左宗棠為陜甘總督、欽差大臣，督辦陜甘軍務。

同治六年，西捻軍東渡黃河救援東捻軍，左宗棠率軍一路追擊，將西捻軍逐出陜西。同治七年，西捻軍在山東覆滅，左宗棠隨即率大軍返回西安，全力對付陜西回民軍。

對付回民軍，左宗棠沒有采取多隆阿那樣的猛沖猛打，而是制定了“節節剿洗、步步為營”的戰術，修堡壘、挖壕溝，逐步緊逼，一點點蠶食回民軍的活動空間。面對清軍的穩步推進，回民軍難以抵擋，只得再次退回董志原。

為了集中兵力應對危局，他們在蕭金鎮召開軍事會議，將十八大營合并為四大營，由白彥虎、禹得彥、崔偉、馬正和四人擔任統帥。同治八年，清軍攻破董志原，白彥虎等人率回民軍撤出經營多年的根據地，向金積堡一帶撤退，與馬化龍領導的寧夏回民軍匯合。

同年秋天，清軍進圍金積堡。馬正和、陳林等人率領部分回民軍，在金積堡會同馬化龍部一起抗擊清軍；白彥虎、禹得彥、崔偉等人則率部在隆德、會寧、靜寧一帶襲擊清軍糧道，牽制清軍兵力。

同治九年正月，左宗棠坐鎮平涼，督促劉松山加緊攻打金積堡。二月，回民軍在馬五寨設伏，一舉擊斃清軍主將劉松山。主帥陣亡，清軍士氣大跌，回民軍趁機發起反攻，先后收復靈州至固原的廣大地區，還大規模攻入陜西境內的定邊、隴州以及關中東部的蒲城、大荔、渭南等處，關中再度告急。

劉松山死后，左宗棠命其侄劉錦棠接統金積堡前線的清軍，同時調集陜甘各路清軍堵擊回師陜西的回民軍。回民軍兵力不足，難以在陜西立足，只得陸續退回甘肅。隨著清軍越圍越緊，金積堡內的糧草漸漸耗盡，外援也被完全切斷。同治十年正月，金積堡最終陷落，陳林率領一萬余陜西回民軍向清軍投降。

金積堡陷落前，白彥虎、崔偉、禹得彥等人已經率領陜西回民軍主力及眷屬向南撤退，前往西寧，駐扎在大小南川一帶。同治十一年七月，左宗棠進駐蘭州，隨即派劉錦棠率軍進攻西寧。白彥虎、禹得彥、崔偉率領陜西回民軍，與馬桂源領導的西寧回民軍并肩作戰，在西寧以東的大小峽與清軍血戰六十余日。

湟水兩岸的峽谷狹窄崎嶇，易守難攻，回民軍在山上修筑堡壘，層層阻擊。清軍每前進一步都要付出慘重代價，五十余戰下來，湘軍損兵折將，始終無法突破防線。可隨著戰事拖延，回民軍彈藥漸漸耗盡，兵力也得不到補充。最終因為實力懸殊，起義軍戰敗，崔偉、禹得彥等人率部投降清軍，白彥虎則帶著數千陜西回民軍向西撤退，經河西走廊直奔肅州。

在肅州，白彥虎部與當地回民軍匯合，繼續與清軍作戰。可此時整個甘肅的戰局已經無可挽回，清軍重兵圍困肅州，起義軍寡不敵眾。同治十二年六月，白彥虎率部沖出肅州，向西出嘉峪關，退往新疆。至此，持續了十二年的陜西回民起義，在清軍的層層圍剿下最終失敗。