軍改中，省軍區系統進行了全方位調整，涉及領導職數、部門設置等

軍改前，省軍區系統也是七大軍區的重要作戰力量，承擔防衛作戰職責，當時無論是省軍區、直轄市警備區還是衛戍區都下轄有相應的作戰部隊（比如衛戍警衛部隊、邊海防部隊、守備部隊乃至是野戰部隊等等），其中又以新疆軍區、西藏軍區下轄的軍事力量最為強大，任務職責也最重。

為此，在除新疆軍區以外的省軍區（直轄市警備區）一級，其機關部門設置和陸軍集團軍是完全一致的，即設齊“司令部、政治部、后勤部、裝備部”四大部（省軍區司令部、政治部為副軍級，省軍區后勤部、裝備部則為正師級）。至于副大軍區級的新疆軍區，設立的是司令部、政治部、聯勤部、裝備部，因為其早在1999年就已經將后勤部更名改建為聯勤部。不過，在軍分區（正師級警備區）一級，則是僅設立“司令部、政治部、后勤部”，而沒有裝備部的部門建制（軍分區司令部、政治部為副師級，軍分區后勤部則是正團級規格），這一機構設置一直持續到了2017年4月（2017年4月，包括省軍區系統在內的84個新調整組建軍級單位主官集體亮相，標志著新調整組建的省軍區系統正式起步運行）。

2017年6月，眾多軍媒/官媒集體官宣省軍區系統完成編制體制改革調整（以下所稱“省軍區系統”不包括新疆軍區、西藏軍區、北京衛戍區這三個陸軍單位）、開始按新的編制體制運行，主要涉及到“領導管理體系革新、機關部門設置、任務職能轉變、領導職數縮減、下轄力量調整”等等方面。

一是領導管理體系革新：軍改前，所有省軍區、直轄市警備區、衛戍區由七大軍區分別領導管理，比如成都軍區負責領導管理“四川省軍區、云南省軍區、貴州省軍區、西藏軍區（不含阿里）、重慶警備區”，南京軍區負責領導管理“江蘇省軍區、安徽省軍區、浙江省軍區、江西省軍區、福建省軍區、上海警備區”等等。而軍改后，除新疆軍區、西藏軍區、北京衛戍區轉隸陸軍外，其余的3個直轄市警備區、25個省軍區則都是轉隸軍委國防動員部統一領導管理，轉型為國防動員單位。如此一來，省軍區系統就不再是“大陸軍體制”下的“陸軍單位”，而是獨立于各軍兵種之外的新系統，面向各軍兵種服務戰備、支持國防，所以省軍區系統各級單位主官可以來自陸軍、海軍、空軍、火箭軍等各軍種。

二、機關部門設置有大變化：軍改中，轉隸軍委國防動員部的3個直轄市警備區、25個省軍區，其機關部門設置由軍改前的“四大部”即司令部、政治部、后勤部、裝備部，調整為“一辦四局”即辦公室、政治工作局、戰備建設局、國防動員局、保障局。其中，辦公室、政治工作局、戰備建設局、國防動員局為正師級，保障局則是副師級，可以發現，改革后的省軍區機關規格普遍降低。相應的，軍分區一級的機關部門設置則由“司令部、政治部、后勤部”調整為“政治工作處、戰備建設處、國防動員處和保障處”，其中政治工作處、戰備建設處、國防動員處為正團級，保障處是副團級，改革后部門級別同樣是明顯下降。

三、任務職能徹底轉變：新體制下，省軍區系統不再以防衛作戰為主業，而是在軍委國防動員部領導下主要承擔“國防動員、后備力量建設、兵役征集、國防教育、國防設施保護、雙擁工作和軍民融合協調、軍隊干休所管理、軍隊離退休干部服務保障”等職能。另根據軍委國防動員部的定位，省軍區系統職能任務概括為“五部”，具體就是：應急應戰的指揮部、地方黨委的軍事部、后備力量的建設部、同級政府的兵役部、軍民融合的協調部。

四、領導職數大幅縮減：軍改前，省軍區（直轄市警備區）本級都設有司令員、政委、若干位副司令員、副政委、參謀長、政治部主任等正軍級和副軍級領導職務（一般是兩正五副），軍分區一級則設有司令員、政委、若干位副司令員、副政委、參謀長、政治部主任等正師級和副師級領導職務。但在新體制運行后，省軍區系統的領導職數大幅縮減，此外現役編制也是大幅減少了，如省軍區本級僅設有兩正兩副（即司令員、政委各一名，副司令員、副政委兼紀委書記各一名），軍分區一級僅設兩正一副（即司令員、政委、副司令員兼紀委書記各一名）。

五、下轄力量調整：軍改前，省軍區、直轄市警備區下轄有作戰部隊，其中甚至有海防師、海防旅這類師旅級作戰單位。但改革后，隸屬軍委國防動員部的省軍區系統都不再領導管理作戰部隊（原由作戰部隊移交給了戰區陸軍），不過卻從各軍兵種接收了相應的軍隊干休所統一領導、統一管理。目前，省軍區本級保留著少量的直屬力量（如警備糾察隊、綜合訓練隊、警衛勤務隊）。